（1）水利不便。随着水井在各地农村的大力兴建，传统的水利设施反而没有经常性的维护，造成了很多地区河流、水渠出现淤积。淤积的河流因为难以流动，很容易被当地污染物所侵害，变臭变黑。再加上一些人私自拦截河流将其作为养殖基地，更加重了断流的污染。

（2）农业污染。现在农村耕作多依赖农药除草、除虫，依赖化肥增加土地养分，而农药与化肥给土壤和周边水域带来的污染是多方面的，各类化学污染物质在雨水的冲刷下流入附近的河流，或渗透到地下污染地下水，都造成了水体污染。

（3）生活污染。无论是传统的农村形态，还是最近几年各地大力兴建的新型农村社区，居民都开始融入现代化的生活方式，使用更多的塑料制品，化工性生活用品，更多的衣物洗涤等，但又缺乏有效的污水处理机制，多数都被排放到附近的水体中，造成水污染。

（4）乡镇企业污染。乡镇企业广泛地存在于我国乡镇和农村，而很多企业因为作坊式的生产与经营，没有规范的污水处理设施，对周边的水体造成了污染，有的乡镇存在小化工厂，污染尤为突出。