流域水环境综合治理中存在以下水利科学问题：

（1）流域河流、湖库、湿地系统宏观格局与支撑能力

（2）河流纵横形态的生态影响规律

（3）流域不同尺度河流连通和生态基流维持

（4）不同水动力条件下污染物输移过程和生态效应

（5）流域污染物容量总量控制和科学增容强净

（6）水资源生态配置与节水减污社会建设

（7）农田沟渠生态化与生态型灌区建设

（8）河道硬质化的生态效应及改进和修复技术

（9）防洪堤坝安全稳定与生态化协同技术

（10）水利工程与生态工程协同建设、运行和管理

（11）河流水生植物修复对行洪能力影响规律及对策

（12）调水引流和水力调控的科学原理与生态风险

流域水环境综合治理的是我国水利发展的迫切需求，水利部门在流域水环境综合治理中具有重要地位，应肩负起流域水环境综合治理的主要责任，在认真研究和回答流域水环境综合治理中存在的基本水利科学问题的基础上，科学进行流域水系和水环境综合治理规划，合理构建流域水环境综合治理的技术体系，为改善流域水环境、保障社会经济可持续发展发挥出重要作用。