生物处理技术如放养控藻型生物、构建人工湿地和水生植被，开发水体生物修复技术，是当前水环境治理研究与开发的热点。

1.挺水植物

常用的挺水植物有芦苇、芦竹、水葱、灯心草、香蒲、茳芏、藤草、莎草、伞草、苔草、水生美人蕉、富贵竹、茭白。蔗草对生活污水或其他有机污染废水有很好处理效果。芦苇床处理系统是一种人工种植芦苇的湿地污水处理工艺。利用芦苇根系发达和优越的水土气交换能力，污染物与其茎部接触产生沉淀作用，芦苇的根部与茎部可吸收某些污染物，附着在茎部上的微生物可对污染物产生吸附分解作用，使污水流经种有芦苇的土壤或沙砾床而产生 自然净化。

人工芦苇床建设成本低，处理效果稳定，但冬天处理效果会受到影响。扩大与增加水生植物生物量，加强吸收、转化水中营养盐，抑制藻类的生长和现存量后，如对水草不利用、不及时移出，将导致沼泽化和二次污染。

2.浮叶植物

常用的浮叶植物的有凤眼莲、睡莲、慈姑、浮萍、菱角等。浮叶植物在浅水水体中有良好的净化水质效果，种植和收获较容易，在一定季节可以作为重要的支撑系统，但需要及时收获。有些飘浮植物和浮体陆生植物(加上浮力支撑后可水培的植物)是很好的观赏和食用植物，可在一定条件下组合应用，既有净化水质作用，又有经济效益、环境效益和观赏效益。生物浮床技术是用泡沫塑料搭建浮床，种植经过专门筛选和培育的植物，达到净化水质和美化景观的作用。目前种植的植物主要有美蕉、空心菜、水竹、水蓼、旱伞草、蕹菜、水芹、菰等。

3.着生藻类

着生藻类和浮游藻类生长过程中都有净化水质作用。着生藻类和附着生物已成为许多河流水质净化的主体，是目前进行河流水质净化的研究热点之一。

4.沉水植物

伊乐藻、黑藻、苦草、金鱼藻、睡莲等水生植物，可吸收和转化底泥中的营养物质，增加生物多样性。抗风浪较好的有穗状狐尾藻、马来眼子菜、菹草。弱光植物苦草、菹草适宜在透明度较低的水体中。菹草偏好沙泥型底泥。在有机质含量较高的底质情况下，伊乐藻、穗状狐尾藻可作为沉水植物恢复的先锋种。镶嵌植物群落组合(由浮水、浮叶、沉水植物优势种的斑块构成 )可使藻类的生物量下降57．7％。人工湿地中使用最多的水生植物为香蒲、芦苇、灯心草、宽叶香蒲和蔗草。在32℃时，池杉人工湿地对总氮、总磷的去除效果明显优于20℃时。用覆膜、塑料袋或改变生态位能使喜旱莲子草安全越冬，并对总氮、氨氮和叶绿素a的去除效果较好。

5.底栖生物

螺、蚌等底栖动物可过滤悬浮质，摄食生物碎屑，其分泌物有絮凝作用，螺有刮食着生藻类功能，虾和部分鱼类可摄食藻类、碎屑、浮游动物等，作为健康水生态系统的补充组成，也有重要作用。

6.微生物

自然界的水生植物附近共生有多种远比自由水体中丰富的细菌群落。飘浮植物有直接吸收营养盐的作用，而且更重要的是有与其共生的细菌。可以很快增加水的透明度，改善水质。飘浮植物作为细菌的载体受气候条件影响，在有些季节难以发挥作用。因此研制人工载体和优选高效细菌种群极为重要。利用优化的人工载体培养优化的氮循环细菌，释放到自然水体，以自然生物载体、其它人工载体和底泥为二级载体，水中悬浮物为三级载体，将好氧_厌氧，硝化一反硝化条件扩大到水面并加强细菌浓度，从而增加系统净化能力。卵石接触氧化法是利用卵石表面的生物膜吸附胶体状有机物或与溶解性有机物发生氧化分解作用，使污水得到净化。卵石接触氧化法具有较高的处理效率。它的有机负荷较高，接触停留时问短，占地面积少，节省投资。此外，运行管理时没有污泥膨胀和污泥回流问题，且耐冲击负荷。

7.CBS水体修复技术

集中式生物系统(CBS)水体修复技术被认定为生物工程领域的高新技术，并在国内实施完成了多个项目。CBS水体修复技术可除臭去黑，去除碳、氮、磷等有机物、硝化底泥、降解H₂S、NH₃。以及其他化学有害物质；同时可能锁定诸如Hg²⁺，Cr³⁺,Cu²⁺,Pb²⁺,Sr²⁺等重金属离子，降低重金属污染；唤醒水体中的有益微生物，净化水体中的有机物，形成水体的生物链，维护生态平衡，保护生态环境。