产生污染的原因主要有农业污染源、生活污染源、工业污染源等。伴随着工业点源污染治理力度的加大，农业非点源污染已成为土壤污染的重要来源。

由于土壤污染具有潜伏性、不可逆性、长期性、后果严重等特点，土壤环境保护必须遵循“预防为主、防治结合、综合治理”的基本原则。关于农业非点源污染问题，要在建立和完善土壤污染防治法律法规和标准体系，加强土壤环境监管能力建设的同时，加强农业污染源的控制，从源头上做到土壤污染治理。强化农产品源头监管，依法监督检查农药、种子、化肥等投入，确保农业生产资料的安全使用。

推进农田污染防治和农产品质量安全新技术的推广。各地要结合实际，大力推广各种新技术，发展生态农业，才能有效地防治土壤污染，提高农产品质量。将种植业与林业、畜牧业、渔业及相关加工业有机结合起来，建立一套生态合理、功能良性循环、能耗低的综合农业体系，走循环经济之路。

强化灌区污水处理工作。农业生产区污水回灌是近年来农业生产地区水资源有效利用的形式，但处理工艺过低，会给土壤环境带来隐患。当前，需要进一步加强工业“三废”治理，提高污水处理技术工艺水平，真正把污水资源利用做到极致。可通过改变农田环境，减少农田污染，如：人工设置合适的湿地、沙层过滤带、缓冲带等，可有效减少农田表面污染物。

进行土壤污染生态修复。以物理、化学、生物等修复技术为主。目前，研究中除“客土法”外，多采用生物修复方法，如种植蜈蚣草、竹柳、东南景天等具有超富集作用的植物，或引入蚯蚓等进行修复。考虑到经济投入、修复周期、避免二次污染等多种因素，生物修复技术是当前最佳选择。